Juan de Yepes est né à Fontiveros, en 1542, dans une humble famille de tisserands de Castille, en Espagne. En 1563, il entre au couvent des Carmes de Medina, « par amour de la Vierge », Reine et patronne de l’Ordre du Carmel. Il se fait remarquer par sa piété, son désir d’observer la Règle primitive de l’Ordre et son intelligence. Il fait ses études universitaires dans la célèbre université de Salamanque et est ordonné prêtre en 1567, à l’âge de 25 ans.

Cette même année, alors qu’il songeait à rentrer chez les Chartreux, frère Jean rencontre Thérèse d’Avila, la réformatrice du Carmel. Celle-ci remarque la personnalité du jeune frère et ses aspirations à mener une vie plus retirée consacrée à l’oraison et au recueillement. Elle lui fait part de son projet de fonder des couvents masculins de Carmes reformés. Jean fait siens ces projets de la Madre et en 1568, il se retire à Duruelo, avec deux autres frères, pour y mener la vie de Carmes Déchaux. Il prend le nom de Frère Jean de la Croix. Le jeune frère devient le soutien et le collaborateur de la Madre dans l’œuvre de la Réforme du carmel. Il assure l’accompagnement spirituel des carmélites.

Frère Jean de la Croix, considéré par les Frères Carmes Chaussés comme chef de file du mouvement de la Réforme, est enlevé et fait prisonnier au couvent de Tolède. Dans son cachot, il fait l’expérience d’une nuit profonde. Il développe et décrit cette expérience mystique tout au long de sa vie, à travers des traitéstels : La montée du Carmel, La nuit obscure, La vive flamme d’Amour, Le cantique spirituel. On y trouve le fil conducteur de sa doctrine spirituelle. En effet, en toute chose, Jean de la Croix cherche à décrire le chemin des âmes à Dieu. De son vivant, il est admiré pour la sûreté de sa doctrine, sa connaissance du cœur humain et par-dessus tout sa charité. Inlassablement il enseigne les chemins de Dieu. « Il faut savoir, dit-il, que si l’âme cherche Dieu, Dieu, de son côté, la cherche bien davantage ».

Après avoir été nommé prieur de divers couvents de Carmes déchaussés, il meurt à l’aube du 14 décembre 1591, heureux « d’aller chanter matines au ciel ».

L’Eglise a reconnu sa sainteté, la justesse et la profondeur de sa doctrine spirituelle. Béatifié en 1675, canonisé en 1726, il est proclamé Docteur de l’Eglise en 1926.